Abaixo a estrutura básica do Linux. Existe muito mais diretórios só listeis os mais usados normalmente.
/root Diretório HOME do Superusuário
/home Diretório HOME dos usuários comuns
/bin Comandos utilizados durante o boot e por usuários comuns
/sbin Como os comandos do /bin só que não são utilizados pelos usuários comuns
/proc Sistema de arquivos virtual (na memória) com dados do Kernel
/boot Arquivos utilizados durante a inicicialização do sistema e o Kernel
/dev Dispositivos (modem, mouse, teclado, etc..)
/etc Arquivos de configurações do sistema
/etc/skel Padrão de arquivos para o diretório HOME de novos usuários
/etc/sysconfig Arquivos de configuração do sistema para os dispositivos
/mnt Local onde são montados discos e volumes temporários (USBs, DVD, etc..)
/tmp Arquivos temporários do sistema utilizados antes da inicialização do sistema ter sido concluída
/var Contém arquivos que são modificados com o decorrer do uso do sistema (e-mail , temporários, filas de impressão, manuais)
/var/lib Bibliotecas que mudam enquanto o sistema está rodando
/var/local Arquivos variáveis de programas que estão rodando
/var/log Arquivos de log do sistema (erros, logins, etc..)
/var/run Arquivos importantes ao sistema úteis até o próximo boot (atualizações de softwares e kernel)
/var/spool Diretório de filas de impressão, e-mail e outros
/var/tmp Arquivos temporários dos programas
/lib Bibliotecas compartilhadas necessárias pelos programas do sistema
/lib/modules Módulos externos do kernel para dispositivos e funções
/usr Contém arquivos de todos os programas e bibliotecas para o uso dos usuários do Linux
/usr/bin Executáveis em geral
/usr/sbin Executávies de administração do sistema não necessários pelo kernel, como por exemplo servidores
/usr/include Arquivos para serem utilizados em linguagens de programação
/usr/lib Bibliotecas dos executáveis encontrados no /usr/bin
/usr/local Arquivos de programas instalados localmente (apenas para alguns usuários)
/usr/man Manuais
/usr/info Documentos de Informações
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